Desde 1974 se empieza a formar la colección del Banco, ya sea por la compra de piezas o por los hallazgos realizados, gracias a los arqueólogos contratados por el estado.

En la actualidad el nuevo museo se encuentra en el Malecón 2000,  y cuenta con todas las comodidades de las mejores instalaciones mundiales.

Este museo resalta la Prehistoria del Ecuador, que hasta el momento abarca desde 8.000 a 9.000 años A.C. a la llegada de los españoles en el año 1526.

En él podemos admirar 850 piezas arqueológicas de las 55.000 que posee esta administración. Además tiene 41 piezas de arte expuestas en sus salones.

Ofrece también una interesante biblioteca de arte y antropología, videoteca y musicoteca.